为全面贯彻落实党和国家加强创新创业人才培养的重要部署，深化教育教学综合改革，改革人才培养机制，推进创新创业教育，2016年3月，学校成立创新创业学院。学院自成立以来，围绕贯彻落实学校全面深化创新创业教育改革的目标开展了各项工作。

创新创业学院同时是学校高素质创新创业人才培养基地。学院坚持“以本为本”、推进“四个回归”，坚持以学生的创新素质养成为中心，构建具有扬州大学特色的创新人才培养体系，培养具备创新创业精神和意识等核心素养、具有专业关键能力和领导力、具有社会责任感和国际视野、未来能成长为适应国家发展战略需求的优秀科学家和领军人才。

2015年，学校组建“扬州大学创新创业实验班”并招生。实验班推进实施“一制三化”（即导师制、个性化、小班化、国际化），促进拔尖创新创业人才培养。目前，实验班已成功招收6届学生，通过实施精细化教育、差异化培养、实践能力和人生意志培训、科研创新导向、跨文化（专业）强化、多元化考核方式，积极探索创新创业教育新模式。

2015至2023年，创新创业学院已有八届创新创业实验班的学生，有四届毕业生。创新创业实验班采用住宿书院制的管理模式。学校在扬子津校区全部的10个学院和文汇路校区5个农科类学院，瘦西湖校区6个师范类学院、江阳路北校区医学院，组成各类创新创业实验班，招收不同专业背景的学生，组成不同类型创新班级。班级同学集中住宿、学习和生活，不同专业的学生相互交流，共同进步。

几年来，创新创业学院成果丰厚。学院学生荣获各类国家级、省级竞赛奖励463余项，173人在国内外期刊公开发表论文252篇，45人申请专利及软著90项。学院学生积极参与大学生创新创业实践训练，167人主持国省级大创项目105项，9人注册成立公司。有81人获得校优秀毕业生称号，211人将继续攻读硕士研究生学位，其中28人赴国外名校继续深造、12名同学被QS世界大学排名前50的高校录取，取得了较好的培养成效。